Star Fox Adventures

En Star Fox Adventures, 8 años después de derrotar a Andross, el equipo Star Fox pasa por una grave crisis economica. Sus Arwings y el Great Fox están muy deteriorados a causa de escasez de fondos. En el momento más oportuno, el General Pepper les trae una misión que cumplir. El planeta Sauria (también conocido como Dinosaur Planet), se está destruyendo gradualmente, y si continúa así, podría dañar a los planetas vecinos, por lo que su misión es evitar que eso ocurra. Fox decide aceptar la misión y desciende a la superficie del planeta a investigar.

Una vez abajo, Fox se encuentra con el bastón de Krystal quien telepáticamente lo contacta sobre como utilizarlo, con lo que este se convertirá en su principal arma a lo largo de esta misión. Eventualmente, descubre que no solo deberá salvar a Sauria, sino también a Krystal, quien quedó aprisionada al comenzar a liberar a los espíritus Krazoa. Con ayuda de su nuevo amigo Tricky, logra su objetivo, volviendo a unir a Sauria y liberando a Krystal, pero cual será su sorpresa al descubrir que al hacerlo, también liberó a su malvado enemigo, Andross, quien había sido el verdadero responsable de lo ocurrido. Fox inmediatamente aborda su Arwing y sale hacia el espacio para terminar con él de una vez por todas.

Andross regresa con sed de venganza contra el joven McCloud, pero justo cuando más lo necesitaba, Falco Lombardi quien había abandonado el equipo tiempo atrás, viene para ayudarle, y juntos lo derrotan. Falco regresa al equipo, y el General Pepper les envía su paga por un trabajo bien hecho. Por si no fuera suficiente, Krystal aparece para darle las gracias personalmente por lo que hizo por ella, y decide unirse al equipo. Aparentemente, el equipo usó la recompensa de la misión para reparar el Great Fox, al igual que para actualizar las Arwings y los Landmasters.

Star Fox: Assault

Un año más tarde, en Star Fox: Assault, Andrew Oikonny, sobrino de Andross y antiguo integrante de Star Wolf, ha iniciado una rebelión para continuar con lo que iniciara su tío años atrás. El ejército corneriano está teniendo dificultades, por lo que el General Pepper llama al equipo Star Fox para ayudarlos a detenerlo. Pero lo que empezara como simplemente una rebelión, se convertirá en una gran guerra a gran escala, cuando descubran que ha aparecido un nuevo enemigo: Los Aparoids, una especie de parásitos espaciales, o mejor dicho, máquinas parasitarias, que no buscan otra cosa sino apoderarse de todo cuanto se les ponga enfrente.

Empezando por investigar de este nuevo enemigo al que se enfrentan, Fox responde a una llamada de auxilio en el puesto de comando en Katina. Pero esto resultó ser una farsa, ya que cuando Fox derrota a los Aparoids en el lugar, Pigma Dengar, el mismo que traicionara a su padre años atrás, sale de su escondrijo y roba la memoria del Aparoid que planeaban usar para investigar. Fox lo rastrea hasta un escondite de bandidos en la zona espacial Sargasso, donde tiene un encuentro con Star Wolf. Tras vencerlos, eventualmente sigue a Pigma hasta el cinturón de asteroides, donde tiene el shock de su vida al ver que los Aparoids se han apoderado de él y lo han convertido en uno más de ellos. Superando la conmoción, Fox lo derrota y obtiene la memoria que estaban buscando.

Mientras van camino a Corneria, Krystal percibe gritos de agonía desde Sauria, por lo que Fox y ella descienden para detener la amenaza. Tienen un breve reencuentro con Tricky, ahora crecido, que se pone a molestar un poco a Fox insinuándole cosas con Krystal.

De regreso a Corneria, descubren que los Aparoids aprovecharon su ausencia para atacar el planeta, y han tomado el control de la capital. Han bloqueado la señal del radar y las comunicaciones, y la única forma de enviar algún tipo de rescate es eliminado a los bloqueadores de señal. Fox desciende y asume la tarea, una vez que lo logra, Peppy Hare le manda una Arwing para que termine la misión, pero los Aparoids lo emboscan antes que pueda hacerlo, y cuando todo está a punto del caos, Wolf aparece para salvarlo. Desde el ala izquierda de la Wolfen, Fox debe terminar con la amenaza, incluyendo, para su consternación, a un infectado General Pepper al que matan por que si no hubiera destruido Corneria.

Antes de entrar a la base de los aparoids, la reina hace una especie de pared para que ellos no puedan pasar, luego, Peppy y ROB van en la Great Fox y chocan contra la pared y la Great Fox explota con Peppy y ROB.

En la puerta orbital, Fox nuevamente es asistido por Wolf y su equipo quienes se sacrifican para defender la estación de un ataque de misiles, y más adelante en el planeta de los Aparoids para llegar con la reina, quien es el origen de toda la especie.

La reina intenta bloquear mentalmente a Fox y a sus amigos usando las voces de sus compañeros, Aparece también el padre de fox como una voz persuadiéndolo a rendirse, Falco le dice que no lo escuche porque sabe que su padre esta muerto. Antes que Falco termine la oración, Fox dice "el nunca me diría algo así". Fox le dispara el programa de auto destrucción diseñado por el padre de Slippy, Beltino, pero este resulta inefectivo al principio. Rehusándose a darse por vencido, Fox y sus compañeros luchan con todo lo que tienen, y acaban con ella, y con toda la amenaza de una vez por todas. Habiendo escapado a salvo del planeta, Fox le da las gracias a sus compañeros.

antes de irse encuentran a Peppy y a ROB en una nave

Star Fox Command

Varios años después de los eventos en Star Fox: Assault, el equipo Star Fox se ha disuelto y los miembros se han ido cada uno por su lado. Una nueva amenaza, una raza de seres llamados Anglars, que residen en los océanos de ácido en Venom, aparentemente como resultado de uno de los últimos experimentos de armas biológicas de Andross, ha comenzado un nuevo conflicto en todo el sistema Lylat. Fox valientemente toma la decisión de enfrentarse a ellos, pero pronto se da cuenta que él solo no va a poder contra estos nuevos enemigos, por lo que deberá unir fuerzas con viejos amigos (y rivales) así como algunos nuevos para terminar con esta guerra.

Debido a que el juego tiene 9 finales diferentes, no se sabe qué camino tomarán Fox y compañía. Sin embargo, los desarrolladores han dicho que es probable que el proximo juego de la serie ignore los finales y retome la historia "desde el medio".